Сюжет игры развивается с момента окончания второй части. В поисках своей возлюбленной Йеннифэр главному герою предстоит посетить империю Нильфгаард, где он сможет лично навестит самого императора Эмгыр вар Эмрейса. Возможно, именно он и причастен к ее похищению. В то же время Геральта продолжают преследовать призраки Дикой Охоты.